Etwa 60 Millionen Jahre später brachte die Evolution den ersten Fisch mit beweglichen Kiefern hervor (Acanthodier oder Dornhaie). Die Kiefer entstanden aus den vorderen Kiefernbögen. Stachelähnliche Ausstülpungen an den Bauchseiten formten sich zu paarigen Flossen um. Das Knorpelskelett bei Fischen (z. B. Haie) entwickelte sich vor etwa 370 Millionen Jahren. Die bereits erwähnten beiden Hauptgruppen der Knochenfische unterteilten sich vor etwa 50 Millionen Jahren in die Fleisch- und Strahlenflosser. Ihnen gemein war, dass sie ein knochiges Innenskelett besaßen, wobei die Flossen der Fleischflosser durch fleischartige Lappen unterstützt wurden und die der Strahlenflosser durch Knochen. Man geht davon aus, dass die Fleischflosser die Vorreiter der späteren vierbeinigen Landwirbeltiere waren. Besonderheiten wie dünnere Schuppen und ein symmetrischer Schwanz haben die Strahlenflosser zu hervorragenden Schwimmern gemacht. Die Kiefer wurden noch beweglicher und Kiemenkammern versorgten den Fisch effizienter mit Sauerstoff.